他认为，大家最关心的两项重要改革，一是深化中央财政科技计划（专项、基金）管理的改革。二是关于加强中央财政科研项目和资金管理的改革。

改革要适应科研规律 
 
　　2014年底，国务院颁发了《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》。这是一场被科技界视为科技体制突破口的改革，它重点针对科技计划进行顶层设计、强化分类资助，逐步打破条块分割，加强统筹协调，建立有中国特色的以目标和绩效为导向的科技计划（专项、基金等）管理体制，使国家科技计划更加聚焦于国家目标、更加符合科技创新的规律、更加高效配置创新资源、更加强化科技与经济的紧密结合，最大限度地激发科研人员的创新热情。
 　　万钢表示，改革方案颁布以后，目前我国正在着力推动，研究制定了国家科技计划管理联席会议制度、战略咨询与综合评审委员会的组建方案。对于国家重点研发计划重点专项的试点工作也已经开始启动，按照聚焦重大目标、全链条设计、协同创新的原则，形成了6个试点专项。同时，现有科技计划的整合也取得了实质性的进展，原有的近百项科研计划已有近50项进行了初步整合。
 　　改革过程中，也遇到了难题。“第一个是如何加强专业机构建设”，万钢说，“形成国家重点研发计划，也是我们第一次尝试。”为了改革的顺利实施，国家为改革设定了一个过渡期，决定用三年的时间逐步从试点铺开，一直到全方位的实施。“所以，不会对现有的科技项目造成影响。”
 　　而在《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》的执行中，国家将采用更人性化的措施。万钢举了个例子：“比如说把一部分项目管理权和经费预算的协调权赋予项目实施的法人单位，使法人单位能够为申报项目的科技人员提供咨询服务，项目实施中的一些预算调整也由法人单位按照规则进行调整。特别是对于项目实施好的，结余资金可以留归原来项目的单位。去年，‘973’计划有90多个项目验收，实施效果好的，都已经把结余的经费留归了课题单位。”
 　　用他的话说，这是在“适应科研自身的规律”。同时，政府管理部门还要做好事中、事后的监管和服务工作，对各类实际问题提供政策咨询。对于一些项目经费的使用，还要进行抽查式的监管，及早发现问题来研究解决。
 　　2015年，怎么谋划“十三五”？
 　　2015年，是承上启下的一年。在这一年里，我国将重点做好“十三五”规划工作的前期研究和战略谋划，围绕着落实“四个全面”（即全面建成小康社会、全面深化改革、全面推进依法治国、全面从严治党）展开工作。万钢认为，主要的路线就是聚焦创新驱动发展战略实施，以深化科技体制改革为动力，以全面增强自主创新能力为目标，大力推动以科技创新为核心的全面创新，实现科技治理和管理现代化。
 　　第一，面向国家长远发展，强化创新驱动发展的顶层设计，组织编制好“十三五”的科技创新规划。“十三五”是全面完成2006年颁布的国家中长期科技发展规划纲要的冲刺之年。为了做好“十三五”工作，2014年，我国对规划纲要和重大科技专项组织实施情况，进行了全方位的评估；同时对未来五年的技术发展趋势进行了预测。万钢介绍，开展这些工作的目的，就是要科学准确的了解我们发展的现状、系统总结好以前的经验，谋划好建设创新型国家决胜阶段的任务部署。
 　　第二，“十三五”期间要进一步深入落实全面深化改革的要求，将重大科技改革措施落到实处，扎实推进科技体制改革，以改革促创新，以创新促发展。
 　　第三，在制定“十三五”规划时，还要主动适应和引领新常态，加快科技重大专项实施，同时在面向未来发展的重点领域，凝练一批对国家战略任务、经济社会发展、以及各个方面发展有重大促进和带动作用的重大科技项目和重大工程，以全面增强科技创新的支撑引领作用。
 　　第四，要顺应大众创业、万众创新的新形势，加强创新的政策环境建设，引导区域创新，积极营造开放合作、良性互动的氛围和土壤，以全面实现规划纲要、建设创新型国家所确定的各项目标。